Wird eine Zielvereinbarung geschlossen, so entstehen Pflichten für die Vereinbarungsparteien bei der Durchführung. Sie ergeben sich aus dem Inhalt der Zielvereinbarung und aus dem Gesetz. Sieht die Zielvereinbarung keine besonderen Regelungen zur Durchführung vor, so werden sie von den dispositiven Regelungen im Schuldrecht ergänzt. Im Folgenden wird von einer typischen Zielvereinbarung, wie sie in Kapitel 4.2 beschrieben ist, ausgegangen. In diesem Fall entsprechen die Pflichten denen des Vertragstypus "Auftrag".

Im Weiteren wird näher beschrieben, welche Pflichten das Gesetz bzw. das Auftragsrecht vorsieht. Gefallen einige dieser Regelungen den Behindertenverbänden oder auch den Unternehmen bzw. Unternehmensverbänden nicht, so sollten die Vertragsparteien andere Regelungen in der Zielvereinbarung vereinbaren.